Głównym bohaterem Far Cry 3 jest niejaki Jason Brody. Facet trafia całkowicie sam na krawędź znanego nam świata, na z pozoru bezludną tropikalną wyspę, która z godziny, na godzinę zamienia się w prawdziwe piekło. W dziczy musi stanąc do walki o życie, korzystając z wszystkiego co nawinie mu się pod rękę, a celem jest oczywiście ucieczka. Na tym jednak fabuła się nie kończy. Podczas rozgrywki odkrywamy bowiem wiele wątków pobocznych, a te zdradzają kolejne fragmenty pozornego raju.
Jako że Far Cry 3 jest grą typu sandbox, gracz nie jest ograniczony do podążania wcześniej ustalonymi ścieżkami. Musi samodzielnie znaleźć drogę prowadzącą do celu i zdecydować czy ma ochotę walczyć otwarcie, czy może woli poruszać się bezszelestnie i równie cicho eliminować oponentów. Wybory w Far Cry 3 odgrywają bardzo ważną rolę.